Castelnuovo della Misericordia è il risultato delle complesse vicende abitative che caratterizzarono la zona collinare in epoca medievale: qui si succedettero ed in parte convissero numerosi castelli, molti dei quali oggi scomparsi, tra cui Camaiano, Castelvecchio e Castelnuovo.
Sviluppatosi ai piedi di quest’ultimo, il paese odierno comprende anche quanto resta di Castelvecchio, in gran parte distrutto dal devastante terremoto che si abbatté sulla zona nel 1846. L’appellativo ‘della Misericordia’ deriva invece dalla Pia Casa di Misericordia di Pisa, che, dal XIV secolo, possedette nella zona un’ampia tenuta in gran parte adibita a pascolo e il cui centro amministrativo era l’edificio noto come ‘Villa Santa Maria Assunta’ (o Fattoria di Castello).
L’originaria parrocchia di Santo Stefano, compresa nelle mura del Castello, venne sostituita dalla chiesa attuale, edificata, in posizione più baricentrica, a metà del ‘600.
A lungo comune autonomo, fu aggregato a Rosignano Marittimo solo nel 1776.
I dintorni del centro abitato offrono paesaggi rurali e boschivi di rara bellezza, percorribili grazie alla fitta rete di sentieri di antico tracciato e ricchi di testimonianze archeologiche, quali la necropoli etrusca di Pian dei Lupi e la cinta di mura di Monte Carvoli.
